Il Cardinale Fernández è stato il principale estensore di Fiducia Supplicans, il documento che ha introdotto le benedizioni spontanee e non liturgiche per le coppie dello stesso sesso nel rito latino. Dopo la diffusa controversia e le critiche sollevate, il 4 gennaio 2024 il Cardinale Fernández ha rilasciato un comunicato stampa nel tentativo di chiarire alcuni aspetti di Fiducia Supplicans.
